Los formatos de paquetes universales permiten gestionar las aplicaciones de una manera más similar a Android, ya que estas van separadas del sistema. Esto abre la puerta a la creación de herramientas para gestionarlas de manera directa y particular, y tras Flatseal y Flatsweep, nos hacemos eco de Warehouse, que abarca la instalación, la desinstalación y el borrado de los datos de usuario de las aplicaciones Flatpak.