Si quieres cifrar los datos de tus pendrives y solo los utilizas con Linux, la combinación de la utilidad de discos de Gnome/Unity y el paquete cryptsetup te permitirán hacerlo muy fácilmente.
El primer paso es buscar cryptsetup en los repositorios de tu distribución e instalarlo.
Ahora conecta el pendrive y abre la utilidad de discos.
Pulsa sobre la rueda dentada y elige formatear.
Formatea en un formato compatible con Linux, por ejemplo ext4.
Elige la opción Cifrado compatible con sistemas linux y completa los datos.
Pulsa formato y luego de nuevo en el aviso de seguridad.
Cuando vuelvas a conectar el dispositivo te pedirá la contraseña.
Fuente: planetadiego