El desarrollador Thomi Richards ha generado ese mapa haciendo uso de un script que se ha programado en Python para recolectar qué paquetes dependen de otros.
Usando la librería graph-tool y aplicando ese código logró generar un conjunto de datos que luego importó en Gephi, una plataforma abierta para generar visualizaciones distintas de esos datos.
Lo explica todo en el post de su blog en el que incluye el código Python utilizado y además incluye una serie de capturas adicionales en las que podemos ver destacadas en un color distinto las dependencias específicas en grupos de paquetes importantes como KDE, GNOME, C++ o los paquetes del sistema.
Fuente: usemoslinux