Si, lo se; han pasado ya algunos años de este cambio, y muchos aun siguen preguntando lo mismo, creo que aunque no tenga tanta importancia la mayoria esta acostumbrada a ver los botones la derecha; la solucion es muy sencilla:
sudo apt-get install gconf-editor
gconftool-2 --type string --set /apps/metacity/general/button_layout "menu:minimize,maximize,close"
Fuente: kuboosoft